Program Studi Doktor Manajemen Pendidikan berdiri dengan Surat Ijin dari dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 202/DIKTI/Kep/1994 tentang Pemberian Ijin Pendidirian Program Studi Magister dan Program Doktor pada tanggal 28 Juli 1994. 

Saat awal berdiri, berada di bawah naungan Program Pascasarjana IKIP Malang, sesuai SK Mendikbud No. 0146/O/1983 tertanggal 5 Maret 1983, yang kemudian berubah menjadi Fakultas Pascasarjana, dan kemudian berubah lagi menjadi Pascasarjana UM. Seiring dengan kebijakan tata Kelola integrasi program studi monodisiplin di masing-masing fakultas, kini Prodi Doktor Manajemen Pendidikan berada dalam naungan Departemen Administrasi Pendidikan (AP) FIP UM. 

Program Studi Doktor Manajemen Pendidikan mempunyai status akreditasi dari BAN PT peringkat A tiga kali berturut-turut, dengan Surat Keputusan dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) No. 1433/SK/BAN-PT/Akred/D/V/2019, yang berlaku mulai tanggal 07 Mei 2019 sampai dengan 07 Mei 2024.

Adapun Ketua Program Studi Doktor Manajemen Pendidikan secara berturut-turut sejak berdiri sampai dengan sekarang adalah: Prof. Drs. J.F Tahalele, MA., Dr. Frans Mataheru, Ed.D., Prof. Dr. Willem Mantja., M.Pd, Prof. Dr. Hendyat Soetopo, M.Pd., Prof. Dr. Ibrahim Bafadal, M.Pd., Prof. Dr. Bambang Budi Wiyono, M.Pd., Prof. Dr. Imron Arifin, M.Pd., dan Prof. Dr. Ali Imron, M.Pd, M.Si. Prof. Dr. Bambang Budi Wiyono, M.Pd.,